Table 1.

Primers used for methylation analysis

GeneExternal sense (5′-3′)External antisense (5′-3′)Internal methylated sense (5′-3′)Internal methylated antisense (5′-3′)Internal unmethylated sense (5′-3′)Internal unmethylated antisense (5′-3′)
p16AGAAAGAGGAGGGGTTGGTTGGACRCCCRCACCTCCTCTACCTTATTAGAGGGTGGGGCGGATCGCGACCCCGAACCGCGACCGTAATTATTAGAGGGTGGGGTGGATTGTCAACCCCAAACCACAACCATAA
p14TTTAGTTTGTAGTTAAGGGGGTAGGAGCRCTACCCACTCCCCCRTAAACCGTGTTAAAGGGCGGCGTAGCAAAACCCTCACTCGCGACGATTTTTGGTGTTAAAGGGTGGTGTAGTCACAAAAACCCTCACTCACAACAA
p15GAYGTYGGTTTTTTGGTTTAGTTGAAACRCAACCRAACTCAAAACCGGTTTTTTATTTTGTTAGAGCGAGGCTAACCGCAAAATACGAACGCGGGTTGGTTTTTTATTTTGTTAGAGTGAGGTAACCACTCTAACCACAAAATACAAACACA
MGMTGYGTTTYGGATATGTTGGGATAGTTAAACTCCRCACTCTTCCRAAAACTTTCGACGTTCGTAGGTTTTCGCGCACTCTTCCGAAAACGAAACGTTTGTGTTTTGATGTTTGTAGGTTTTTGTAACTCCACACTCTTCCAAAAACAAAACA
MLH1GGAGTGAAGGAGGTTAYGGGTAAGTAAAAACRATAAAACCCTATACCTAATCTATCACGTAGACGTTTTATTAGGGTCGCCCTCATCGTAACTACCCGCGTTTTGATGTAGATGTTTTATTAGGGTTGTACCACCTCATCATAACTACCCACA
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RARβ2TATGYGAGTTGTTTGAGGATTGGGAAATAATCATTTACCATTTTCCAAACTTATGTCGAGAACGCGAGCGATTCCGACCAATCCAACCGAAACGATTGGGATGTTGAGAATGTGAGTGATTTCTTACTCAACCAATCCAACCAAAACAA
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APCTGGGYGGGGTTTTGTGTTTTATTTACRCCCACACCCAACCAATCTATTGCGGAGTGCGGGTCTCGACGAACTCCCGACGAGTGTTTTATTGTGGAGTGTGGGTTCCAATCAACAAACTCCCAACAA
TIMP-3GYGGTATTATTTTTTATAAGGATTTGAACCRAATAATATAACRCTAAACCCCCGTTTCGTTATTTTTTGTTTTCGGTTTCCCGAAAACCCCGCCTCGTTTTGTTTTGTTATTTTTTGTTTTTGGTTTTCCCCCAAAAACCCCACCTCA
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BRCA1GAGAGGTTGTTGTTTAGYGGTAGTTTTTCTAAAAAACCCCACAACCTATCCTCGTGGTAACGGAAAAGCGCAAATCTCAACGAACTCACGCCGTTGGTTTTTGTGGTAATGGAAAAGTGTCAAAAAATCTCAACAAACTCACACCA
p73GGGTYGGGTAGTTYGTTTTGTTTTCRACCCTAAACCTCCTACCTACAACCGGACGTAGCGAAATCGGGGTTCACCCCGAACATCGACGTCCGAGGGGATGTAGTGAAATTGGGGTTTATCACAACCCCAAACATCAACATCCA
Thrombspondin-1GGGTTTTTGTYGTTTTTTAGGAGTAATTCTCCAAATAAATATCCCRAACAACTTTATCGGACGTATAGGTATTTTTCGCATCCTCGACGACCGCCGTTTTTATTTTGGATGTATAGGTATTTTTTGTCAACTTTAATCCTCAACAACCACCA
  • Abbreviation: TIMP-3, tissue inhibitor of metalloproteinase-3.